В суровых лесах Наварры 1944 года разворачивается жестокая борьба между партизанами и фашистскими войсками. В эпицентре этих событий оказывается юная Офелия — десятилетняя мечтательница, вынужденная вместе с беременной матерью Кармен переехать в военный лагерь к своему новому отчиму, капитану Видалю. Этот безжалостный офицер франкистской армии получил приказ любыми средствами очистить регион от повстанцев, демонстрируя при этом поразительную жестокость и высокомерие.
В этом мрачном мире Офелия находит утешение в волшебных сказках и неожиданно открывает поблизости древний заброшенный лабиринт. Там её встречает таинственная фея, которая приводит девочку к Фавну — хранителю подземного царства. Существо раскрывает Офелии невероятную тайну: она является пропавшей принцессой магического королевства, которую безуспешно разыскивал её отец на протяжении многих столетий. Чтобы вернуться в своё истинное королевство, Офелия должна до полнолуния выполнить три опасных испытания, сохраняя их в строжайшей тайне ото всех.